სამედიცინო სამსახური ახორციელებს კონტროლსა და ზედამხედველობას პატიმართა და მსჯავრდებულთა, აგრეთვე დეპარტამენტის სავალდებულო სამხედრო მოსამსახურეთა ჯანმრთელობის მდგომარეობაზე. სამედიცინო სამსახურის ფუნქციები და ამოცანები განისაზღვრება სამედიცინო სამსახურის დებულებით, რომელსაც ბრძანებით ამტკიცებს მინისტრი.სამედიცინო სამსახური თავისი შინაარსით წარმოადგენს როგორც უზრუნველყოფის ასევე კონტროლის მექანიზმს სასჯელაღსრულების სამედიცინო დაწესებულებებსა და სამედიცინო ნაწილებზე.